La Universidad Mesoamericana tiene como metas generales que el graduado:
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Cultive los más altos valores humanos.
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Anteponga a sus intereses personales los de su sociedad y de su entorno.
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Tenga la habilidad de comunicarse efectivamente.
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Conozca adecuadamente el medio y aplique la metodología de Investigación en la solución de problemas.
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Conozca y evalúe los principales aspectos artísticos de su propia cultura.
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Tenga una perspectiva razonada y crítica sobre su propio.
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Tenga una perspectiva razonada y crítica sobre la evolución de la sociedad y la cultura.
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Comprenda el proceso de formación de una filosofía vital y pueda exponer la suya propia.